La vegetación natural de Alcalá está condicionada por su clima mesomediterráneo seco, y la variación térmica y pluviométrica anual perteneciendo concretamente al territorio climático de los encinares con coscoja (sur de Madrid, Castilla La Nueva, La Mancha y del Maestrazgo). En las laderas erosionadas de los cerros, cercanías de los ríos, etc., aparece la vegetación "potencial"(la propia del ecosistema) sustituyendo al encinar: saucedas, olmedas y choperas.
Comunidades Vegetales.
En la vegetación natural, las plantas no aparecen aisladas sino formando comunidades (pinos + helechos; olmos + rosales silvestres;...). La composición y evolución de las comunidades vegetales la estudia la ciencia de la sociología vegetal o fitosociología vegetal y cuyo método principal de estudio se lleva a cabo mediante la realización de inventarios.
Las comunidades vegetales de Alcalá se agrupan en las fluviales y cercanas al río, las de los cerros y sus laderas y la de los campos abandonados.
Vegetación Natural de las Riberas Fluviales.
Dentro de esta vegetación distinguimos la que crece y se desarrolla dentro del agua, y la que lo hace en las riberas. La primera está formada por seres unicelulares (algas diatomeas y filamentosas, Clamidomonas, Spyrogira, etc.), plantas de fondo y flotantes (lentejas de agua). Todas estas comunidades son las productoras de materia orgánica del río, arroyos, acequias, etc, de la que dependen los demás consumidores del río (crustáceos microscópicos, gusanos de fondo, protozoos,...) a los que siguen los consumidores secundarios o carnívoros (peces) y los terciarios (otras especies de peces y las aves pescadoras).
Comunidad de las Lentejas de Agua.
Está formada únicamente por la lenteja de agua, planta de hojas de menos de 1 cm y que alcanza su apogeo entre abril y junio, en las aguas remansadas de los ríos, estanques, etc.
Para conocer la vegetación de Alcalá podemos seguir este itinerario. Comenzamos el recorrido desde el borde del río Henares, visible nada más bajar del aparcamiento del Parque de los Cerros, y después de bajar el camino al llegar a la bifurcación de caminos que lleva o a la casa de oficios, o al camino de la Reserva Ecológica y antiguo vertedero, allí a la izquierda encontramos el río. Aunque si quisiéramos analizarla con detenimiento propongo hacerlo en la ladera izquierda del Henares en el parque que se encuentra antes de pasar el puente del río o en la zona del Meandro que se encuentra fuera de este parque, pero que desde allí son accesibles estas formas de vegetación.
Especies muy poco frecuentes, presentes en el Parque de los Cerros:
Battarea stevenii: un nuevo abanderado del Parque de los Cerros
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